기체크로마토그래피는 이동상인 기체와 정지상(고체 또는 액체) 사이의 상호작용 차이를 이용해 혼합물을 분리한다. 고정상이 액체일 때는 기체-액체 크로마토그래피(GLC)로 분배계수의 차이에 의해 분리하고, 고정상이 고체일 때는 기체-고체 크로마토그래피(GSC)로 흡착계수의 차이에 의해 분리한다.
GC는 분리된 성분의 머무름 시간(retention time)으로 정성분석을 수행하고, 피크 면적이나 높이로 정량분석을 수행할 수 있다. 즉, 동일한 기법으로 정성·정량 모두를 수행할 수 있다는 점을 기본 원리로 이해한다.
운반기체는 시료와 컬럼과 반응하지 않는 불활성 기체를 사용해야 한다. 대표적인 운반기체로 헬륨(He), 질소(N2), 아르곤(Ar), 수소(H2) 등이 사용되며, 반응성·부식성이 강한 기체는 운반기체로 부적합하다. 예를 들어 염소(Cl2)처럼 반응성이 큰 기체는 기기 손상이나 시료 반응을 일으켜 사용하면 안 된다.
컬럼이나 충전분리관의 재질은 분석 대상 물질과의 화학적 호환성을 고려하여 선정해야 한다. 아민류, 아세틸렌, 테레핀류 등과 같이 반응성이 있는 시료는 구리 재질과 반응하거나 구리관을 부식시킬 수 있으므로 구리관을 피해야 한다. 알루미늄, 스테인리스강, 유리는 반응성이 낮아 이러한 시료 분석에서 보다 적합한 선택이 된다.
정지상으로 사용하는 흡착제나 고정액은 화학적 안정성, 성분의 일관성, 낮은 증기압을 가져야 하며 점성은 낮아야 분리 효율이 유지된다. 높은 점성은 시료 이동을 저해하여 분리 능력을 떨어뜨리므로 정지상 조건으로 적합하지 않다.