생물학적 처리는 미생물의 성장 형태에 따라 부착성장식과 부유성장식으로 나눈다. 부착성장식은 미생물이 여재 표면에 붙어 오염물질을 분해하는 방식으로 살수여상법이 대표적이다. 부유성장식은 미생물이 물속을 떠다니며 처리하는 방식으로 활성슬러지법이 대표적이다.
고도처리는 2차 처리로는 제거가 어려운 질소, 인 또는 난분해성 유기물을 추가로 제거하는 단계이다. 활성탄 흡착, 혐기호기법 등은 고도처리에 해당하며, 살수여상법은 일반적으로 2차 처리에 해당하므로 고도처리에 포함되지 않는다.
특수공법으로 인 제거에 특화된 Phostrip 공법이 있다. Phostrip은 활성슬러지 중 일부를 혐기성 스트리퍼로 보내 인을 방출시키고, 분리된 상징액에서 화학적으로 침전시켜 인을 제거하는 방식으로 생물학적 원리와 화학적 처리를 결합한 공법이다.
운전상 문제로 팽화와 연못화 같은 현상이 발생할 수 있다. 팽화는 사상균 과증식으로 슬러지가 부풀어 오르는 현상이며, 주요 원인으로 부하의 급변, 용존산소 부족, 유해물질 유입 등이 있다. 반면 질소와 인은 미생물에게 필수 영양원이므로 팽화의 직접 원인과는 거리가 있다. 연못화는 살수여상에서 여재의 공극이 막혀 물이 고이는 현상이며, 매질 크기 불균일, 점막 탈리, 침전 불량으로 유발된다.
공정별 특징도 중요하다. 예를 들어 UASB는 상향류 혐기성 슬러지상 공정으로 저비용·소형화의 장점이 있지만, 상승유속이 과하면 슬러지 유실 위험이 있어 유실이 전혀 없다고 보기는 어렵다. A/O 공법은 혐기조와 호기조로 구성되어 인 제거에는 유리하나 무산소조가 없어 질소 제거는 곤란하여 N과 P를 동시에 높은 효율로 제거하기 어렵다.