선발의 효과는 개체들 사이의 형질 차이가 클수록 커진다. 집단의 모든 개체가 똑같이 우수하거나 똑같이 열등하면 누구를 골라야 할지 선택의 여지가 없기 때문이다. 이 차이를 선발차이라고 부르며, 이 값이 클수록 유전적 개선 속도가 빨라진다. 유전력이 높을수록 형질이 잘 유전되고, 세대 간격이 짧을수록 빠른 시간 안에 개선을 이룰 수 있어 이 역시 선발 효과를 높이는 요인이다.
선발 효과를 크게 하려면 환경적 변이를 줄여야 한다. 사양 관리 조건이 고르지 않으면 좋은 환경에서 자란 개체가 유전적으로 우수해 보이는 오류가 생긴다. 균일한 사양 관리 조건에서 사육하면 표현형의 차이가 주로 유전적 차이에서 비롯되므로 우수한 개체를 더 정확하게 선발할 수 있다. 선발 비율을 크게 하면 우수 개체를 고를 가능성이 낮아지고, 나이가 든 암가축을 이용하면 번식 효율이 떨어지며, 새로운 유전자 도입은 변이를 늘려 선발 기준을 흐릴 수 있다.
선발 방법은 무엇을 기준으로 삼는지에 따라 나뉜다. 개체 자신의 능력을 보는 것이 개체선발, 조상의 능력을 보는 것이 혈통선발, 자손의 능력을 보는 것이 가계선발이다. 젖소 종모우의 비유량처럼 수컷이 직접 발현하지 않는 형질은 개체 자신을 보고 평가할 수 없다. 그래서 낳은 딸들의 기록을 분석하는 후대검정이 가장 정확하고 보편적으로 쓰이며, 혈통선발이나 자매검정으로 간접 평가하기도 한다.
여러 형질을 동시에 개량할 때는 각 형질의 유전력과 경제적 가치의 비중을 가중치로 반영한 선발지수식이 가장 효과적이다. 절단형선발이나 순차적선발은 한 번에 하나의 형질만 개선하거나 단계적으로 진행하므로 여러 형질을 함께 최적화하기에는 효율이 떨어진다. 선발지수는 유전력이나 상가적 유전분산과 경제적 가치의 상대적 비중을 나타내는 통계량으로 산출되며, 근교계수는 혈연 관계를, 보정계수는 환경 효과를 보정하는 데 쓰인다.
종모돈의 선발지수는 생산성과 경제성에 직결되는 형질로 구성한다. 일당증체량은 하루에 얼마나 살이 찌는지, 사료요구율은 사료를 얼마나 효율적으로 쓰는지, 등지방두께는 고기 품질과 관련이 있어 모두 포함된다. 반면 산자수는 어미돈이 한 번에 몇 마리를 낳는지를 나타내는 번식 형질이므로 수퇘지의 선발 기준에는 들지 않는다.
돼지 선발에서는 수퇘지의 비중을 특히 크게 본다. 수퇘지 한 마리가 수많은 자손을 남길 수 있어 종돈 소요두수가 적고 유전적 기여도가 크므로, 선발 강도를 높여 엄격하게 골라야 개량 효과가 커진다. 암퇘지는 번식 적령기 도달 후 수태 성적 등으로 불량 개체를 도태시키는 후기 선발이 가능하고, 사지와 발굽 상태가 불량하면 번식 생활에 지장이 있으므로 도태하는 것이 바람직하다.