생태학의 조직 수준은 작은 단위에서 큰 단위로 개체→개체군→군집→생태계→생물군계→생물권의 순으로 확장된다. 개체는 한 개체 유기체를 가리키며, 개체군은 동일 종의 개체들이 특정 지역에서 이루는 집단을 의미한다. 군집은 여러 종이 한 장소에 모여 이루는 집단으로 종 간 경쟁, 포식, 공생 등 상호작용의 장이 된다.
군집생태학은 다수의 종 사이의 관계를 포착하고, 이들 사이 상호작용이 군집 전체 구조와 동적 행동에 미치는 영향을 분석한다. 경쟁, 포식, 공생 등 다양한 상호관계가 군집 조성이나 종다양성 변동으로 이어지는 과정을 관찰하는 것이 핵심이다. 문제에서 '다수 종 간의 다양한 관계'와 '시스템 행동의 결과'를 묻는 문항은 군집생태학의 범주에 해당한다.
생태계는 생물군집뿐 아니라 토양, 물, 기후 같은 비생물적 요소를 포함하며 에너지 흐름과 물질순환을 중심으로 기능을 설명한다. 물질(예: 물, 탄소, 질소, 인)은 생산자, 소비자, 분해자를 거치며 순환하는 반면, 에너지는 태양으로부터 유입되어 각 영양단계에서 열로 손실되므로 단방향으로 흐른다는 점이 중요하다.
종의 기능적 역할도 구별해야 한다. 생산자는 무기물로부터 유기물을 합성하는 자가영양생물(주로 녹색식물 등)이며, 소비자는 다른 생물을 섭취해 에너지를 얻는 종이다. 주추종(keystone species)은 군집 구조와 기능 유지에 불균형하게 큰 영향을 미쳐 해당 종이 사라지면 군집 구성이 급변할 수 있는 종을 의미한다.
경쟁적 배제의 원리(가우스의 원리)는 생태적 지위가 완전히 중복되는 두 종이 장기적으로 공존하기 어렵고 한 종이 도태되거나 지위를 변경하게 된다는 개념을 뜻한다. 공생 관계의 분류에서는 상리공생이 의무적 관계인 반면 상조공생은 상호 이익이 있지만 비의무적인 관계라는 점을 구분해야 한다.