위해성 평가는 인체 및 생태계에 대한 오염물질의 영향을 평가하는 체계적 절차이다. 인체(건강) 위해성평가는 유해성 확인, 노출평가, 용량-반응평가, 위험특성화의 네 단계로 구성되며, 각 단계는 서로 다른 목적과 산출물을 가진다. 유해성 확인 단계에서는 물질의 독성 특성, 발암성 분류 등 기초 정보를 조사한다. 노출평가는 사람들이 어떤 경로로, 어느 정도의 농도에 노출되는지를 산정한다. 용량-반응평가는 노출량과 건강 영향 간의 관계를 정리하고 위험특성화에서 최종 위험평가를 수행한다.
생태계 위해성평가는 문제정의, 영향평가(유해인자-반응관계), 노출평가, 위해도 결정의 네 단계로 구성된다. 문제정의 단계에서는 평가 범위와 대상 종 및 지표를 설정한다. 영향평가 단계에서는 오염물질이 생태계 구성요소에 미치는 영향을 기술적으로 분석한다. 노출평가에서 생태계 구성요소가 오염물질에 노출되는 정도를 추정하고, 위해도 결정 단계에서 종합적인 위해도를 산출한다.
토양오염 조사와 정밀조사 과정은 단계별로 구분하여 수행한다. 자료조사와 개황조사를 통해 현장 특성과 오염범위를 개략적으로 파악하고, 기초조사 및 상황조사에서 시료 채취와 실험실 분석을 통해 정밀한 오염도를 규명한다. 개황조사는 현장 방문을 통해 어떤 물질이 오염되었는지와 오염이 확산된 면적 및 범위를 대략적으로 확인하는 단계로 정밀조사의 전제 조건으로 작용한다.
위해성 평가는 순서와 목적을 혼동하지 않는 것이 중요하다. 예를 들어 노출 관련 정보가 먼저 확보되어야 그 정보를 바탕으로 용량-반응 관계와 위험특성화를 수행할 수 있다. 평가 결과는 정화 목표치 설정과 조치계획 수립의 기초 자료로 활용되므로 보고서에는 각 단계의 근거, 가정, 불확실성 등을 명확히 기술해야 한다.