종자는 외부를 둘러싸는 종피, 발아 시 영양을 제공하는 배유, 그리고 새 식물체로 발달하는 배로 구성된다고 본다. 종피는 씨방의 주피가 발달하여 이루어진 모체(2n)의 조직이므로 기원상 모체의 일부로 분류한다. 반면 배와 배유는 수정으로 생성된 자손의 조직으로 구분한다.
종자의 배유 존재 여부에 따라 유배유종자와 무배유종자로 나뉜다. 유배유종자는 성숙 종자에도 배유가 남아 있는 유형을 말하고, 무배유종자는 배가 배유의 저장물질을 흡수하여 성숙 시 배유가 남지 않는 유형을 말한다. 대표적인 무배유종자는 오이, 완두, 콩, 호박 등이 있고 대표적인 유배유종자에는 벼, 보리, 밀, 양파 등이 포함된다고 본다.
쌍떡잎식물 가운데 일부는 배유가 퇴화하고 호분층이 저장 기능을 대신한다. 호분층은 배유와 접하여 발아 시 배유 분해 효소를 합성하는 조직으로, 곡류와 상추 등에서 발달이 두드러진다. 호분층에서 합성된 효소는 배유의 전분과 단백질을 분해하여 배가 흡수할 수 있는 형태로 만든다.
종자 구조와 기능을 묻는 문제는 기원(모체 대 자손), 저장위치(배유 대 자엽 또는 호분층), 발아 시 효소 합성 장소 등을 구분하도록 출제 경향이 있다. 따라서 종피는 모체 유래, 배와 배유는 자손 유래, 무배유·유배유의 구분과 호분층의 역할을 명확히 이해해야 한다.
교잡에 따른 배유 형질 발현 현상으로 크세니아가 있다. 크세니아는 교잡종자의 배유가 부본의 유전적 영향을 받아 형질이 발현되는 현상으로, 배유를 지표로 하는 표현형이 모본뿐 아니라 부본의 영향도 받을 수 있음을 의미한다.