발효생산물의 분리와 정제를 이해하려면 발효 과정에서 생기는 생성물과 부산물을 구분한다. 알코올 음료와 발효식품에서는 저장과 발효 과정에서 자연 발생하는 독성물질이 문제가 된다. 그 대표로 에틸카바메이트가 거론된다.
에틸카바메이트는 아르기닌이 효모의 작용으로 요소로 전환된 뒤 에탄올과 반응하여 생성된다. 이 물질은 국제암연구기관(IARC)에서 발암성 물질로 분류한다. 전구물질로는 아르기닌, 시트룰린, 우레아가 제시되고, 카바릴은 전구물질이 아닌 살충제 성분으로 구분한다.
미생물은 아미노산의 탈카르복실화 반응으로 바이오제닉 아민을 생성한다. 우레아와 에탄올의 반응은 바이오제닉 아민 생성의 주요 경로로 보지 않는다. 히스타민은 히스티딘의 탈카복실화로 만들어지며, 모르겔라 모건니가 대표적인 생성 균주로 제시된다. 단백질이 풍부한 식품이 발효되거나 부패할 때 생성되고, 체내 효소에 의해 분해된다.
곰팡이 대사산물 가운데 인체에 병리적 이상이나 생리 기능 교란을 일으키는 물질을 마이코톡신으로 구분한다. 아플라톡신, 시트리닌, 파툴린은 곰팡이가 생성하는 대표적인 독소로 제시된다. 사크시톡신은 적조 현상을 일으키는 플랑크톤이 생성하는 신경독소로, 곰팡이 대사산물로 보지 않는다. 황변미 식중독의 원인독소로는 시트룰린, 이슬란디톡신, 루테오스카린이 제시되고, 아플라톡신은 주로 옥수수와 땅콩에서 발생하는 독소로 구분한다.
효모에 의한 알코올 발효에서는 포도당 1분자에서 에탄올 2분자가 생성되는 화학량론을 적용한다. 포도당의 분자량은 약 180이고, 에탄올 2분자의 분자량 합은 약 92이므로 질량비를 계산한다. 포도당 100g에서는 이론적으로 약 51g의 에탄올이 만들어지며, 보기에서 가장 가까운 값은 50g이다. 간장과 된장 제조에서 메주는 곰팡이가 프로테아제와 아밀라아제를 만들어 단백질을 아미노산으로, 전분을 당으로 분해하도록 하는 역할을 한다. 메주 사용의 핵심 목적은 효소를 생산하여 맛과 향을 내는 것이다.