종자소독은 종자에 붙은 곰팡이와 세균 등 병원균을 죽이거나 억제하여 종자 전염병을 막고 건강한 발아를 돕는 처리이다. 소독의 중심 목적은 병원균 제거에 있다. 따라서 발아 촉진이나 휴면 타파를 위한 처리와는 목적을 구분한다.
소독법은 물리적 방법과 화학적 방법으로 나뉜다. 물리적 방법은 열, 빛, 물 등의 물리적 에너지를 이용한다. 냉수침법과 온탕침법은 물을 이용하고, 자외선이나 적외선 조사법은 빛의 에너지를 이용한다. 도말법은 종자 표면에 약제를 입히는 방법이므로 화학적 방법에 해당한다.
약제 처리에는 약액에 담그는 약액침지, 분말을 묻히는 종피분의, 약액을 바르는 종피도말 등의 표면 처리 방식이 있다. 종피 내 주입은 독립된 표준 처리법으로 보지 않는다. 훈증제는 밀폐 공간에서 가스를 발생시켜 병원균을 사멸시키는 약제이고, 알루미늄포스파이드 정제는 물이나 습기와 반응하면 가스를 발생시켜 살균 효과를 낸다.
건열처리는 충분히 건조한 종자를 70~75℃에 3일 두어 병원균을 사멸시키는 물리적 방법이다. 이때 종자가 완전히 건조되어 있어야 효과가 있고, 처리 후 종자의 활력이나 발아율에 영향을 줄 수 있으므로 주의한다. 저온처리는 휴면 타파나 발아 조절을 위한 생리적 처리이지 병원균 사멸 효과가 없으므로 소독법으로 보지 않는다. 질산칼륨(KNO3) 처리도 발아 촉진을 위한 생리활성 물질 처리이므로 소독 방법에 속하지 않는다.
종자 코팅은 종자 표면에 점토, 비료, 약제 등을 입혀 종자를 보호하거나 기능을 부여하는 기술이다. 기계 파종 시 종자가 골고루 떨어지도록 취급을 용이하게 하고, 표면에 살균제를 입혀 종자소독 효과를 얻으며, 외관을 매끄럽게 하여 품위를 향상시키는 것이 목적이다. 휴면 타파는 저온 처리, 빛 노출, 특정 호르몬 처리 등 별도의 방법으로 이루어지므로 코팅의 직접 목적이 아니다. 분제는 입자가 가벼워 대량 처리 시 공기 중으로 쉽게 날아다니므로 작업장에 환기장치가 필요하다.