종자 수확은 적기를 지키는 일이 핵심이다. 적기보다 일찍 수확하면 미숙한 종자가 섞여 품질이 떨어지고 손실이 생긴다. 적기보다 늦게 수확하면 낙상과 탈립으로 종자가 떨어지거나 껍질이 벗겨져 손실이 커진다. 늦은 수확은 건조 효과보다 손실 방지가 우선이라는 점에서 불리하다.
수확 적기의 수분 함량은 작물에 따라 다르다. 밀은 수확 적기에 수분 함량이 낮은 곡류로 다룬다. 옥수수는 수확 적기에도 수분 함량이 상대적으로 가장 높은 작물로 제시한다. 콩과 땅콩은 수확 시 건조된 상태에 가깝지만, 자료에서는 옥수수의 수분 함량이 가장 높다고 구분한다.
보리의 수발아를 막는 방법은 품종 선택, 조기 수확, 도복 방지로 정리한다. 수발아는 수확 전 이삭이 땅에 닿거나 비를 맞을 때 이삭에서 싹이 트는 현상이다. 기계 수확은 수확 속도를 높이는 효율의 문제이지 수발아를 직접 막는 원인이 아니다.
종자 정선은 크기, 무게, 형태 같은 물리적 특성을 이용해 좋은 종자와 나쁜 종자를 나누는 작업이다. 육안 선별, 풍선, 비중선별은 대표적인 선별 방법으로 제시한다. 균분기는 비료와 사료, 혼합종자를 골고루 섞는 혼합 기계이므로 선별 방법에 들지 않는다. 선종은 크고 충실하여 발아와 생육이 좋은 종자를 가려내는 작업이며, 중량별·용적별·비중별 선별이 그 방법으로 제시한다. 저장방법은 선종이 아니라 수확 후 종자를 보관하는 행위로 본다.
완충기는 탈곡이나 정선에서 종자가 부딪혀 깨지지 않도록 충격을 부드럽게 하는 장치로 본다. 티머시 같은 화본과 목초류는 종자가 가볍고 까락이 붙어 있어 강한 충격에 쉽게 으깨진다. 티머시 종자는 가벼운 불순물이 많아 풍력선별만으로 제거하기 어려우므로 완충기를 이용한 선별이 필요하다. 강낭콩, 귀리, 해바라기는 상대적으로 내구성이 있어 일반적인 기계로도 처리한다.
오이 종자는 충분히 익은 종과를 곧바로 채취하면 휴면 때문에 발아율이 떨어질 수 있다. 충분히 익혀 거둔 오이 종과는 상온에서 7~10일 정도 후숙시키는 것이 적절하다. 너무 늦게 수확한 종자는 과건조 상태가 되어 기계적 충격에 약해지고, 탈곡과 조제 과정에서 상처를 입어 발아력이 떨어질 수 있다.