무기질은 특정 생리활성물질의 구성 원소로 작용한다. 요오드는 갑상선호르몬의 필수 원소이고, 비타민 B12의 중심 원소는 코발트이며, 인슐린에는 아연이 관여한다. 사이토크롬 산화효소는 구리와 철을 포함한다. 원소와 물질의 짝을 정확히 맞추는 것이 기본이다.
식물에서 마그네슘은 엽록소 분자의 중심 원소이면서 탄수화물 대사 효소가 제대로 작동하도록 돕는다. 구조적 역할과 기능적 역할을 동시에 만족하는 원소를 가려내는 것이 포인트다. 망간, 칼슘, 철은 엽록소의 직접 구성 원소가 아니거나 효소 촉매 역할이 다르다.
인체에서 무기질의 주된 기능은 뼈 구성, 효소 보조인자, 삼투압과 pH 조절로 묶인다. 칼슘은 뼈와 치아의 주성분이고 혈액 응고와 근육 수축, 신경 전달, 식균작용에 관여하지만 조혈작용의 직접 인자는 아니다. 나트륨은 삼투압 조절과 신경 흥분 전도, 근육 수축, 알칼리성 소화액 구성에 관여하지만 뼈의 주요 구성 성분은 아니다. 콜레스테롤 조절도 무기질의 주된 기능으로 보지 않는다.
칼슘의 흡수는 인과의 비율에 따라 직접 조절된다. 인을 과다 섭취하면 칼슘과 결합해 흡수를 방해한다. 마그네슘, 나트륨, 칼륨은 건강에 중요하지만 칼슘 흡수를 직접 조절하는 인자는 아니다.
과채류의 조직감은 세포벽 펙틴과 칼슘의 결합으로 유지된다. 칼슘이 펙틴을 붙여 세포벽을 단단하게 만들고, 칼륨이나 마그네슘은 주로 삼투압과 효소 활동에 관여한다.
체내 대사 산물의 성질에 따라 무기질을 산 생성원소와 알칼리 생성원소로 나눈다. 나트륨, 칼륨, 칼슘, 마그네슘은 알칼리 생성원소이고, 황, 인, 염소는 산 생성원소이다. 우유가 알칼리성 식품으로 분류되는 것은 칼슘 등 무기질이 풍부하기 때문이며, 육류와 곡물, 버터는 산성 식품으로 분류된다.