단백질은 탄소·수소·산소와 함께 질소를 포함한다. 이 질소의 함량은 평균 약 16%로 거의 일정하다. 그래서 식품의 질소량을 측정한 뒤 6.25를 곱하면 단백질 함량을 역산할 수 있다. 16%의 역수가 6.25라는 관계를 함께 기억한다.
단백질은 열이나 화학적 조건을 만나면 3차 구조가 풀리는 변성을 겪는다. 콜라겐은 가열하면 구조가 풀려 젤라틴으로 변하고, 이 젤라틴은 물에 녹는 수용성이다. 변성은 등전점이나 온도 같은 조건과도 관련되며, 동결에 의해서도 일어난다.
아미노산은 아미노기와 카르복실기를 모두 가진 화합물이다. 이 두 작용기를 함께 갖추지 않으면 아미노산이 아니다. 프로피온산은 카르복실산에 속할 뿐 아미노기가 없어 아미노산이 아니다.
아미노산은 측쇄의 성질에 따라 산성·염기성·중성으로 나뉜다. 아르기닌, 히스티딘, 라이신은 측쇄에 양전하를 띠는 기를 가진 염기성 아미노산이다. 발린은 탄화수소 사슬만 가진 비극성 중성 아미노산이다.
대부분의 아미노산은 알파-탄소에 서로 다른 네 가지 기가 붙어 키랄성을 띠고 L형과 D형의 광학이성체가 존재한다. 글라이신은 알파-탄소에 수소가 두 개 붙어 있어 키랄 중심이 없고, 광학이성체가 존재하지 않는다.
식품마다 주된 단백질이 다르다. 달걀 흰자는 올부민, 밀은 글루텐, 우유는 카세인, 쌀은 오리제닌이 주단백질이다. 보리는 호르데인, 옥수수는 제인이며, 콩의 주단백질은 글리시닌 계열이다. 우유의 카세인은 치즈 제조에서 응고되어 주요 고형분이 되고, 유청단백질인 락토알부민과 락토글로불린은 유청으로 분리된다.