장염비브리오균은 해수와 플랑크톤, 어패류에 분포하는 식중독 원인 세균으로 정리한다. 이 균에 중독되면 콜레라와 비슷한 증상이 나타나며 설사와 복통, 구토가 주된 증상으로 제시된다. 날생선이나 덜 익힌 조개류를 먹고 걸리기 쉬운 균으로 다룬다.
대장균군은 분변 오염의 지표 세균으로 사용한다. 이 균은 그람 음성 간균이며 포자를 만들지 않고 내열성이 강하지 않아 고온에서 쉽게 사멸하는 특성을 가진다. 산소 조건에서는 편성 혐기성이 아니라 호기성 또는 통성 혐기성 특성을 가지는 것으로 구분한다.
황색포도상구균은 다른 미생물과 함께 있을 때 경쟁력이 낮아 일반 식품에서는 증식이 억제되는 편으로 설명한다. 그러나 염지육처럼 소금이 많거나 다른 균의 생장이 억제되는 환경에서는 우점하여 독소를 만들고 식중독을 유발한다. 이 균은 응고효소 양성이며 만니톨 발효로 산을 생성하는 생화학적 특성을 가진다. 포자를 형성하지 않고 내열성균도 아니지만, 생산된 엔테로톡신은 열에 비교적 강한 편으로 다룬다.
보툴리누스균은 그람 양성의 편성혐기성 간균으로 식중독 원인균에 속한다. 이 균이 만드는 독소는 강력한 신경 마비 증상을 일으키며 주로 통조림 같은 무산소 환경과 연결한다. 바실러스 세레우스는 열에 강한 아포를 형성하는 독소형 식중독균으로, 쌀밥이나 면류, 김밥처럼 전분이 많은 식품과 연결한다.
냉동식품에서는 저온에서도 자라는 호냉성 세균과 내한성 세균을 구분한다. 슈도모나스 속과 플라보박테리움 속은 저온에서도 잘 자라는 호냉성 세균으로 검출되고, 리스테리아 속은 냉장과 냉동 환경에서도 생존할 수 있는 식중독균으로 제시된다. 에셔리아 속은 온혈동물의 장내 세균으로 영하의 냉동 온도에서 생존력이 급격히 떨어져 냉동식품에서 잘 검출되지 않는다.
인수공통감염병은 병원체에 따라 세균, 바이러스, 리케차 등으로 분류한다. 장출혈성대장균감염증과 결핵은 세균성으로, Q열은 리케차성으로 분류한다. 일본뇌염은 바이러스에 의해 발생하므로 리케차 분류로 보지 않는다. 식물성 식중독에서는 독미나리와 시큐톡신, 버섯과 무스카린, 감자와 솔라닌을 연결하고, 면실유의 독소는 고시폴로 구분한다. 에르고톡신은 밀이나 호밀 같은 곡류에 에르고트균이 감염되었을 때 생성되는 독소로 다룬다.