변질은 직접적 변질과 간접적 변질로 나눈다. 미생물 번식, 온도나 일광에 의한 분해, 산화현상은 식품 성분의 화학적 구조가 파괴되거나 생물학적 활동이 직접 개입하는 직접적 변질이다. 반면 건조나 흡습은 성분 변화 없이 수분 함량만 바뀌는 물리적 현상이므로 간접적 변질에 해당한다.
기생충은 감염원 식품과 짝지어 익힌다. 간흡충은 민물고기, 유구조충은 돼지고기, 무구조충은 쇠고기, 폐흡충은 가재·게, 동양모양선충은 오염된 채소가 감염원이다. 무구조충은 소를 중간숙주로 하므로 바다생선과 연결하면 틀린 짝이 된다.
냉장 보관의 원리는 사멸이 아니라 억제다. 냉장은 세균을 죽이지 않고 증식만 억제하며, 교차오염을 막기 위해 조리 전 식품과 조리 후 식품을 분리해야 한다. 냄새가 옮겨가는 배치나 낮은 온도 쪽에 무엇을 두는지도 이 원리 안에서 판단한다.
발효 식품의 미생물도 구분한다. 개량메주는 아스페르길루스 속 곰팡이와 바실루스 속 세균이 주요 발효 미생물이고 효모는 보조적 역할만 한다. 식초는 초산균, 빵은 효모, 요구르트는 유산균이 각각 주된 미생물이다. 메주·된장·간장처럼 곰팡이와 세균이 중심인 발효와 빵·맥주처럼 효모가 중심인 발효를 대분류하면 오답을 걸러내기 쉽다.
유해물질과 부패 판정도 이 개념에 붙는다. 광명단(산화납)을 사용하거나 소성온도 이하로 구운 옹기에 산성 음식물을 넣으면 옹기벽에서 납이 용출된다. 부패 판정에서는 식품 1g당 생균수가 10^7개 이상일 때 초기 부패로 본다. 첨가물은 기능으로 구분하는데, 규소수지는 소포제이고 산화방지제가 아니며, BHA는 산화방지제이므로 보존료가 아니다. 소르빈산·데히드로초산·벤조산은 보존료이고, 거품 제거는 소포제, 광택과 보호막은 피막제, 용해는 용제가 맡는다. 벤조피렌은 발암성 오염물질이지 산미료가 아니다.